Do uczenia się i nauczania konieczne są trzy środki pomocnicze:
po pierwsze książki, po drugie książki i po trzecie książki.
Stanisław Konarski
Zbiory biblioteczne to wyjątkowo cenny element dziedzictwa kulturowego, którego ochrona jest powinnością każdego pokolenia. Jest ona zespołem różnorodnych i złożonych działań, zmierzających do zapewnienia zbiorom bezpieczeństwa i dobrego stanu zachowania, a także odpowiednich warunków udostępniania. Ochrona zbiorów należy do podstawowych zadań bibliotek (art. 4.1.1. Ustawy o bibliotekach z 27.06.1997).
Początki digitalizacji w Polsce sięgają końca lat 90. W przypadku bibliotek krakowskich systematyczny proces digitalizacji rozpoczął się dopiero w 1999 r. Ponieważ może on być realizowany także przy wykorzystaniu usług zewnętrznych, konieczne jest wymienienie Biblioteki Jagiellońskiej jako tej, która pierwsza w kraju — już w roku 1995, przy udziale firmy komercyjnej — zeskanowała i zapisała na płytach CD dzieło Mikołaja Kopernika De Revolutionibus. Dwa lata później został opracowany projekt memoriału O potrzebie ratowania dziedzictwa kultury polskiej w zbiorach bibliotecznych i archiwalnych XIX i XX wieku. Nad podstawowymi tezami memoriału, a zwłaszcza problematyką kwaśnego papieru, dyskutowano publicznie podczas II Kongresu Technologii Chemicznej we Wrocławiu we wrześniu 1997 r., gdzie wysunięto postulat stworzenia strategicznego programu rządowego w tym zakresie. Mimo że o systematycznej digitalizacji zbiorów w Bibliotece Jagiellońskiej mówić można dopiero od 2003 r. — od chwili zakupu przez bibliotekę odpowiednich urządzeń — jej udziału w początkach digitalizacji zbiorów w Polsce pominąć nie można.
Projekt „Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa” jest zatem bezpośrednim efektem podejmowanych inicjatyw w zakresie czynnej ochrony unikatowych zbiorów bibliotecznych przed nieodwracalną degradacją i bezpowrotną utratą.
W latach 2002–2003 w Bibliotece Jagiellońskiej zostały przeprowadzone badania oceniające stan zachowania całego księgozbioru. Ok. 13% badanych książek i czasopism zostało uznanych za obiekty „w bardzo złym stanie, uzasadniającym konieczność wyłączenia z udostępniania”. Znakomitą większość tego zbioru stanowiły czasopisma wydawane w II połowie XIX wieku oraz w I połowie wieku XX, a także zbiory specjalne, czyli właśnie te, które uczelnia chce obecnie zabezpieczyć oraz zarchiwizować i z których zamierza stworzyć kopie cyfrowe.
Decyzję o zainicjowaniu procesów digitalizacji zbiorów uzasadnia się m.in. poniższymi argumentami:
Genezę projektu stanowi także jego komplementarność z „Programem Rozwoju Uniwersytetu Jagiellońskiego” z 2007 r., który do najważniejszych przedsięwzięć rozwojowych zalicza konieczność szybkiego wprowadzenia nowych rozwiązań z zakresu technik informatycznych, pozwalających na łączenie wspaniałych tradycji uczelni z nowoczesnością na najwyższym poziomie (priorytet 5 Programu „Informatyzacja uczelni” powiązanie z Zadaniem 5.03: „Rozwijać systemy dostępu do Internetu i baz danych przez pracowników, doktorantów i studentów") przewidzianym do realizacji w ciągu 5 następnych lat.
15 kwietnia 2010 roku zawarto umowę pomiędzy Władzami Uniwersytetu Jagiellońskiego a Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego o dofinansowaniu Projektu „Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa” w ramach działania 11.1 „Ochrona i zachowanie dziedzictwa kulturowego o znaczeniu ponadregionalnym”, priorytetu XI „Kultura i Dziedzictwo Kulturowe” Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007-2013.